Muzeum Ziemi Prudnickiej w Prudniku posiada osobowość prawną.
Jest samorządową instytucją kultury o charakterze naukowo-badawczym, dokumentacyjnym i edukacyjnym.
Organizatorem Muzeum Ziemi Prudnickiej jest Gmina Prudnik.
Ogólny nadzór nad Muzeum sprawuje Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, a bezpośredni – Burmistrz Prudnika.
Muzeum Ziemi Prudnickiej wpisane jest do Rejestru Instytucji Kultury Gminy Prudnik , Księga rejestrowa Nr 2.